Ante el creciente interés clínico por los probióticos en patología digestiva, este trabajo sintetiza y evalúa críticamente la evidencia cepa-específica y su aplicabilidad en atención primaria (AP). Se ha realizado una revisión estructurada de la guía clínica de la Organización Mundial de Gastroenterología con una búsqueda en PubMed/MEDLINE, EMBASE y Cochrane (2010–2025) de metaanálisis, revisiones sistemáticas y ensayos clínicos aleatorizados (ECA) en adultos. Se halló evidencia alta para L. rhamnosus GG en diarrea asociada a antibiótico (DAA). También se halló evidencia moderada para E. faecium SF68 en diarrea aguda; S. boulardii CNCM I-745 en diarrea asociada a antibióticos; formulaciones multicepa en reservoritis; L. reuteri DSM 17938 + ATCC 6475 en la erradicación de H. pylori; L. reuteri DSM 17938 en estreñimiento funcional; L. plantarum 299v y B. bifidum MIMBb75 en el síndrome de intestino irritable. Tras la revisión de otras guías clínicas, se han visto respaldados el uso en la DAA, reservoritis, erradicación de H. pylori, estreñimiento funcional y síndrome de intestino irritable. Los probióticos pueden integrarse en AP de forma individualizada, cepa-específica y orientada a desenlaces, con la mayor solidez en prevención de DAA y situaciones concretas. Se precisan ECA robustos y mejor reporte de seguridad para estandarizar su uso.
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