Reconstrucción del Genoma e Identificación Taxonómica de Avipoxvirus sp. en lesiones cutáneas de curruca (Sylvia atricapilla) mediante Secuenciación con Oxford Nanopore

Abstract

Los avipoxvirus (APV) son patógenos de amplia distribución que afectan a la avifauna silvestre, cautiva y doméstica a nivel mundial. Se han identificado aproximadamente doce especies, sin embargo, la mayoría de avipoxvirus que infectan aves silvestres no han sido completamente caracterizados, y su diversidad genética permanece poco estudiada. En este contexto, la presente investigación desarrolló un protocolo optimizado para la secuenciación directa de lesiones causadas por viruela aviar, empleando la tecnología de Oxford Nanopore, y diseñó un flujo bioinformático (pipeline) que permitió la reconstrucción del genoma completo de un Avipoxvirus sp. extraído de curruca (Sylvia atricapilla). La metodología propuesta logró una concentración inicial de ADN de 7.43 µg/ml, que incrementó a 139 µg/ml tras los procesos de amplificación y purificación. La secuenciación generó un total de 627.46 Mb, correspondientes a 14.230 lecturas. El flujo bioinformático incluyó ocho etapas: análisis de calidad, eliminación de adaptadores, filtrado de secuencias de baja calidad, identificación taxonómica, selección de secuencias de interés, ensamblaje, pulido y visualización. Para el ensamblaje genómico, se empleó un enfoque de reensamblaje basado en el genoma de referencia de Canarypox virus, obteniendo una secuencia de 351.122 pb. A partir de ello, se obtuvo una región contigua de 249.264 pb que fue utilizada en el análisis filogenético. Esta secuencia mostró una similitud del 98.88% con respecto al Canarypox virus, clasificándola dentro del clado B. La secuencia estudiada ha sido denominada como Warblerpox virus. Los resultados obtenidos demuestran que tanto el protocolo de laboratorio como el flujo bioinformático diseñado son eficientes y viables, facilitando la reconstrucción del genoma. Esta aportación es de gran relevancia para la vigilancia, el control y la identificación taxonómica de nuevos patógenos aviares.